新书抢先看！蛋白互作分析不确定了解下吗？|转录调控专题

联川生物出版社大家族新成员《转录调控》工具书1.0强势来袭，

新书福利火热进行中，还没参与的小伙伴，走过路过不要错过。

脚步不停，福利不止，今天也是送福利的一天：新书部分内容提前放送~

这就是超前点播的快乐吗，还是不收费的那种~

一．简介

研究一个基因及其编码的蛋白质，一方面要了解他们的功能，另一方面需研究与此蛋白质相互作用的其他蛋白的信息，使研究人员能够更加深入地认识蛋白质的功能，更清楚的理解其调控机制。

STRING是一个数据库，可以检索蛋白间预测功能相关性，其持续更新，利用一个打分机制对结果给予一定的权重，最终给出了一个综合得分，预测功能相互作用。在转录组测序获得差异基因集或目标基因集后，可以基于STRING数据库提取基因间的相互作用关系，辅助于目标基因表达或功能相关基因的查询或者分析差异表达基因中的核心互作网络。

STRINGdb（R包）和string官网（https://string-db.org）均可以进行蛋白互作分析，下面以String官网为例介绍蛋白互作分析。

二. 网页首页

以Version: 10.5为例（现在更新至11.5，操作方法类似）

索引处可以根据蛋白名称（或基因名）、氨基酸序列号，搜索某蛋白和其他蛋白的相互信息，或根据多个蛋白名称（基因名）、氨基酸序列搜索那些蛋白之间的相互作用关系。

三．使用方法

• 01 检索某个蛋白质与其他蛋白的相互作用信息

（1）选择Protein by name，输入蛋白名（或基因名）并选择物种，也可选择auto-detect，在选择检索之后，会出现数据库内涉及全部物种，用户进入可以选择，如下图1、2。（也可选择Protein by sequence，输入蛋白序列）

图示：

图1：首页

图2：检索示例蛋白trapA，auto-detect的结果

（2）点击Continue，呈现检索结果，如下图3：

图3：检索结果

（3）检索结果简介

圆圈（node）表示蛋白质，点击node后可以出现该蛋白的具体信息，如下图4。

直线（edge）表示蛋白的相互作用关系，点击edge可以查看作用关系详情，如下图5。

图4：点击蛋白mt-Co2，呈现蛋白信息

图5：点击edge，呈现相互关系信息

（4）选择下方Exports，点击download，即可下载相应图片，作用关系表格等信息，如下图6：

图6：下载方式

（5）此外，还可点击Viewes，将蛋白相互关系以其他模式呈现，例如下图GENE COOCCURRENCE结果。

• 02 检索多个蛋白直接的相互作用关系

（1）选择Multiple Proteins ，输入多个蛋白名（或基因名），也可点击Browse，导入包含多个蛋白名（或基因名）的文件，选择物种后进行检索，如下图7：

图7：多个蛋白相互关系检索

（2）如果在物种中选择了auto-deltect，会出现匹配到的多个物种，并显示匹配到的数目，供用户选择，如下图8：

图8：物种选择页面

（3）进入蛋白页面，选择您感兴趣的蛋白，进行分析，如下图9：

图9：蛋白选择

（4）得到对应到该物种的四个蛋白及其相互作用关系，如下图10：

图10：互作关系生成

• 03  String其他功能您可以自行挖掘。
• 04  如果预测互作关系太多，可以下载作用关系表格，使用cytoscape（https://cytoscape.org/）进行网络图的重构。

四、STRING应用示例

利用STRING分析抑制PPM1D后的相关核心互作网络

利用STRING将基因分类为功能集群

STRING生成差异基因的蛋白互作网络

参考文献：

Khadka P, Reitman ZJ, Lu S, Buchan G, Gionet G, Dubois F, Carvalho DM, Shih J, Zhang S, Greenwald NF, Zack T, Shapira O, Pelton K, Hartley R, Bear H, Georgis Y, Jarmale S, Melanson R, Bonanno K, Schoolcraft K, Miller PG, Condurat AL, Gonzalez EM, Qian K, Morin E, Langhnoja J, Lupien LE, Rendo V, Digiacomo J, Wang D, Zhou K, Kumbhani R, Guerra Garcia ME, Sinai CE, Becker S, Schneider R, Vogelzang J, Krug K, Goodale A, Abid T, Kalani Z, Piccioni F, Beroukhim R, Persky NS, Root DE, Carcaboso AM, Ebert BL, Fuller C, Babur O, Kieran MW, Jones C, Keshishian H, Ligon KL, Carr SA, Phoenix TN, Bandopadhayay P. PPM1D mutations are oncogenic drivers of de novo diffuse midline glioma formation. Nat Commun. 2022 Feb 1;13(1):604. doi: 10.1038/s41467-022-28198-8. PMID: 35105861; PMCID: PMC8807747.
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